En 1996, en réponse aux protestations croissantes, les ministres des transports français et italien décident de créer une commission intergouvernementale (abréviée CIG). Elle fut créée afin d’analyser le projet en relevant les problèmes liés à sa construction, en redéfinissant le projet et en mettant en évidence les études et les préliminaires nécessaires à sa réalisation. A l’occasion de la septième réunion du comité, il est décidé que l’on attribuera 105 milliards de plus pour des analyses et des recherches géologiques, environnementales et économiques.
Mais cela n’aura malheureusement pas le pouvoir d’apaiser les militants, bien au contraire, les protestations perdurent comme lors du 2 mars 1996, date marquant la première grande manifestation contre la ligne TAV, qui se déroulera à Sant’Ambrogio et qui rassemblera en tout environ 3000 personnes. Le groupe d’opposants HABITAT ouvrira un kiosque d’information pendant 3 jours. Les opposants deviennent de plus en plus mécontents face à une imperméabilité croissante et à la non réponse du gouvernement. C’est pourquoi, durant les 18 mois suivants, la société des chemins de fer italienne sera visée par plusieurs actions de sabotage mais aussi l’autoroute qui traverse la vallée de Suse. Le mouvement "No TAV" est accusé de ces actions mais les investigations n’ont jamais été concluantes. Le mouvement a toujours déclaré de n’être jamais été impliqué dans aucun de ces faits, déclarant qu’il pourrait s’agir de mouvements isolés.
En 1998, face à toute cette agitation, quelques doutes commencent à s’installer au sein des deux pays. En France, le Ministre des Transports semble vouloir faire un pas en arrière, considérant la possibilité d’améliorer la ligne existante. Au même moment en Italie, c’est en revanche le PDG de la société des chemins de fer qui révèle de ne pas avoir assez d’argent pour construire la nouvelle ligne.